В съвременна Япония все още съществува в тайна заповед на тайнствен войн нинджа. Някои от тези войници дори се приемат поръчки за убийството на престъпници, които притежават високи постове в правителството. Днес в Gun нинджа игра ние ще играем за такъв наемник. Той е получил заповедта за убийството, а сега той се нуждае, за да влязат в защитена имоти. Ловко, минаваща през коридорите, прескочи пропуски в пода и се избягват капаните, ние ще продължим напред. Имаме разбира се войници ще атакува защита, но ние сме с помощта на огнестрелните оръжия ще ги убие всички. Основното, което да не им позволявайте да се доближи до вас, защото тогава те могат да направят ви повреди вашите мечове и вашият герой ще бъде убит. Но вие можете да по протежение на пътя да се съберат комплект за първа помощ, която ще компенсира стандарта си на живот.