В древна Япония имаше постоянна война между две касти на воини - самурай и нинджа. Вие в играта Ninja Runner ще се биете отстрани на Ордена на Нинджи. Вашият герой получи заповед от ръководителя на заповедта да извърши разузнаване в една гора, където самурайските отряди могат да се скрият. Твоят герой се втурна здраво в гората и побягна по пътеката. Много опасности и капани го очакват по пътя му. Вие контролирате героя си ще трябва да го накара да скочи и да не попадат в тези капани. Ако срещнеш вражески войници, ще трябва да ги унищожиш с помощта на меч. Просто събирайте различните елементи, които попадат в неговата пътека.