Мечето Банджо, заедно със сестра си, живее в дълбините на гората. Като един ден нашият характер се събуди и установи, че неговата по-малка сестра е изчезнала. Сега в играта Banjo-Kazooie, ние ще му помогнем да я намери. За помощ нашият характер се обърна към магическата птица Kazue. След магически ритуал тя хвана пътеката и полетя покрай нея. Сега ти работиш, героят ще трябва да тича след нея, без да изостава. Бъдете внимателни по начина, по който ще имате капани и вие карате героя ще трябва да ги принуди да прескочат над тях. Понякога може да срещнете различни агресивни чудовища и ще трябва да ги унищожите.