В древна Япония имаше военна заповед, която се специализира в шпионаж и убийства на различни хора. Те се наричаха нинджи. Много войни от Ордена са били в тайната служба на японския император. Днес в играта Flight Of The Ninja ще помогнем на един от тях в изпълнението на тайна мисия. Вашият герой трябва да влезе в охранявания замък, който стои на планина. За да направи това, той ще трябва да се изкачи по отвесните стени, които са пълни с капани. Вашият герой, използващ специални куки, ловко ще се изкачи по стената. Щом стигне капана, кликване върху екрана ще трябва да го накара да скочи и да скочи на друга стена.