Някога адски врати вече бяха успели да се затворят, но злите духове не оставиха надеждата отново да освободят пътя си и те успяха след много години. Този път те отвориха портал на Марс с надеждата, че хората не могат веднага да го открият. Но Марс вече е колонизиран, многобройни биологични лаборатории са се заселили в него, а маса от учени са работили, всички те са били подложени на жестока атака на чудовища. Вашият екип трябва да унищожи чудовищата в Doom 3 и не е нужно да се опитате. Отидете на червената планета и бъдете внимателни, чудовищата са станали по-умни и по-силни.