Смелият нинджа Киото получи задачи от ръководителя на поръчката си и вие в играта Super Ninja Hero ще трябва да му помогнете да го завърши. Вашият герой ще трябва да влезе в замъка на един аристократ през тъмницата и да открадне важни документи от там. Цялата тъмница ще бъде непрекъснато препятствие. Вие сръчно контролирате своя герой ще трябва да ги преодолеете. Също така, вашият герой ще трябва да се бори с различни чудовища и войници на защита, които са в този лабиринт. По пътя ще трябва да събирате различни предмети и оръжия, разпръснати навсякъде.