Древна Япония е имало специални храмове, в които са подготвяли такива войни като нинджа. Вие в играта Ninja Runs 3d отидете на един от тях и помогнете на една нинджа да премине през различни видове обучение. Днес вашият герой ще трябва да премине по специално изграден препятствен курс заедно с други нинджи и да стигне първо до финала. Вие ще управлявате неговите действия. Трябва да прескачате много препятствия, да изкачвате различни препятствия и да извършвате много повече действия, които ще помогнат на нинджа ви да спечели конкурса.