Смелият нинджа Киото получил задача от ръководителя на заповедта му да проникне в охраняваното имение на един аристократ и да открадне секретни документи от там. Вие в играта Endless Ninja ще му помогнете да изпълни тази мисия. Героят ви ще се движи по пътя постепенно набира скорост. По пътя си ще попадне на различни видове капани. Вашият герой, приближаващ се към тях, ще трябва да прави скокове под ваше ръководство. Така той ще прелети във въздуха през тези опасни участъци от пътя. Понякога ще попаднете на различни видове предмети и монети, разпръснати навсякъде. Ще трябва да се опитате да ги съберете всички.