Веселият и смел водопроводчик Супер Марио реши днес да помогне на краля и да спаси принцесата, която беше отвлечена от тъмния магьосник. Вие в Super Mario Advance ще трябва да му помогнете с това. Вашият герой ще се вижда на екрана пред вас, който ще бъде на определено място. С помощта на контролните клавиши ще го накарате да тича напред и да събира различни предмети и златни монети, разпръснати навсякъде. По пътя си ще срещнете дупки в земята и различни видове капани, които Марио под вашето ръководство ще трябва да прескочи. Ще срещнете и различни чудовища. Вашият герой може да ги убие, ако скочи върху главите им. За убиването на всяко чудовище ще ви бъдат дадени точки.