Младо момче Киото се присъедини към тайния орден на воините нинджа. Изпратен е в планината в специален храм, където се намира Академията, където се обучават всички начални войни. Днес нашият герой има тренировъчна сесия и вие ще му помогнете да го проведе в играта на Ninja Academy. Пред вас на екрана ще видите вашия персонаж, който стои в двора на храма. Под него ще бъде разположен специален панел с контролни клавиши. С нейна помощ ще ръководите действията на вашия герой. Пред него ще се появят предмети от различни страни. Вие, водещ героя, ще трябва да им нанасяте точни удари с помощта на ръце или крака. Всеки ваш точен удар ще ви донесе определен брой точки. След като отработите ударите, ще преминете към разработването на различни техники.