Младият човек Наруто се смята за един от най-добрите ръкопашни бойци. Доста често нашият герой помага в битки срещу тъмните нинджа заповеди. Така че днес той ще трябва да изпълни редица мисии и в играта Naruto Ninja Council вие ще му помогнете в това. Вашият герой ще бъде видим на екрана пред вас, който ще бъде в определена област. С помощта на контролните клавиши ще накарате героя си да се придвижи напред. По пътя си ще се натъкне на препятствия и капани, които Наруто ще трябва да заобиколи или да прескочи на скорост. Веднага щом срещнете врага, битката започва. Ще трябва да удряте врага с удари и ритници, както и да изпълнявате техники. Вашата задача е да нокаутирате опонента си и да получите точки за него.