Досега Марио трябваше да се занимава само със зли гъби, охлюви и други слуги на вечния си враг Боузър. Но това са само цветя в сравнение с това, което го очаква в Super Mario Commander. Коварна атака от космоса беше неочаквано направена в света на Марио. Ужасни и порочни създания, въоръжени до зъби, нанесоха хаос в някога мирното царство. Марио ще трябва да вземе сериозно оръжие и да играе ролята на супер герой. И за да успее, помогнете на водопроводчика да овладее нова роля за себе си. Необходимо е да изчистите платформите на космическите пирати и да върнете света отново на земята в Super Mario Commander.