В царството на гъбите отново беда, неизвестни същества в маски и дрехи нахлуха в земята и това не са хора, а очевидно роботи, които се противопоставят на всички живи същества. Те са добре въоръжени и оръжията не са сухоземни по произход. Но нашият герой Марио също не е пропуснат в Super Mario Mission Impossible. Той разполага с мощен бластер, който изстрелва смъртоносен лазерен лъч, за да унищожи със сигурност необичайни врагове. Но има само един водопроводчик и има много роботи, така че побързайте да му помогнете и унищожете всички, които го срещнат по пътя му. Героят непрекъснато ще се движи и е важно да не позволявате на врага да се доближи твърде много в Super Mario Mission Impossible.