В третата част на играта Sonic Advance 3 ще продължите да помагате на смелия Соник и неговите приятели да се борят срещу лудия д-р Зло. Лудият иска да построи цял град, в който ще отглежда чудовища. За да направи това, той ще се нуждае от камъните на Хаоса. Соник трябва първо да ги намери. Пред вас на екрана ще се вижда вашият герой и неговият спътник. Използвайки контролните клавиши, вие ще контролирате действията и на двата героя наведнъж. Ще трябва да ги накарате да се движат из мястото и внимателно да разгледате всичко. Търсете камъни и предмети, разпръснати навсякъде и ги събирайте. По пътя си ще срещнете препятствия и капани, които вашите герои ще трябва да прескочат. Ако срещнат чудовища, тогава героите ще могат да ги заобиколят или да ги унищожат, като се присъединят към битката. За убиване на опоненти ще получите точки в Sonic Advance 3.