Във втората част на играта Pandemic 2 ще продължите мисията си да унищожите цялото човечество като смъртоносна пандемия. Играта започва с избора на вида на заболяването: вирус, бактерия или паразит. След това ще изберете начална точка за вашата инфекция. Оттам ще трябва да разпространите болестта си в останалия свят. Разпространявайки се по света, можете да подобрите болестта си и да я направите така, че хората да не страдат от нея. Постоянно модифицирайте вируса си, така че човечеството да не може да измисли лек за него. Така постепенно ще унищожите цялото население на планетата в играта Pandemic 2