Миграцията на птиците е годишната миграция на птици към по-топлите райони. Щом настъпи есента, много видове птици се отправят на юг, за да оцелеят през студената зима. Патиците са един от тях и в играта ще помогнете на една патица да преодолее труден полет. Но първо трябва да изберете герой от героите, представени в играта: Пам, Мак, чичо Дан, Гуен и Дакс. Всеки от тях ще се подчини на вашия контрол. Сюжетът на Migration Flappy Duck е, че вашата птица е изостанала от ятото. Когато всичките й роднини отлетяха, крилото й беше повредено, но сега е зараснало и можете да опитате да настигнете ятото и да летите заедно. Но първо ще трябва да преодолеете много препятствия и да размахате енергично криле без прекъсване в Migration Flappy Duck.