В играта Микробиус ще бъдем транспортирани до света, където живеят различни микроорганизми. Вие заедно с други играчи ще ги развиете. Но не забравяйте, че в тази игра няма екипи и всеки играе за себе си. Вашата задача е да направите вашия герой най-големият и най-силен. За да направите това, пътувам през местата, трябва да съберете различен вид многоцветни точки. Храненето им, вашият герой ще се увеличи по размер и ще стане по-силно. Когато се сблъскате с героя на друг играч, имате два начина. Можете да се скриете от него без да се биете или да атакувате. Ако спечелите битката, тогава вашият герой ще получи много бонуси наведнъж.
