В историята на Secret Lagoon ще се срещнете с Пол. Той е моряк от трето поколение и често пътува по малката си лодка под платно. Героят обича да изследва нови места, да ходи на дълги пътувания. Този път той беше приказно късмет, той намери лагуна, която не е маркирана на всяка карта. Изглеждаше странно, защото на практика нямаше бели петна, целият остров бе маркиран и разследван и по някаква причина те пропуснаха тази лагуна. Капитанът ще закотви и разгледа подробно мястото. Той иска да открие от намерените предмети, които са били тук преди него и защо сега е изоставен.