В далечното бъдеще учените разработили специален миниатюрен кораб, с който е възможно да се унищожат различни видове вируси. Вие в играта Virus Hunter ще го контролирате. Преди да излезете на екрана, ще видите човешкото тяло, вътре в което ще се намира това устройство. Той ще лети напред, постепенно набирайки скорост. По пътя му ще възникнат различни бактерии. Ще трябва да стреляте точно от специални инструменти, за да попаднете в тези бактерии и по този начин да ги унищожите.
