На един от островите в Тихия океан се намирала тайна правителствена база, където учените провеждали експерименти с хора. Но тук е проблемът, тестваните се освободиха и унищожиха по-голямата част от базовия персонал. Всички от учените успяха да избягат и се заключиха в столовата на базата. В играта Cry Islands ще трябва да влезете на острова и да унищожите всички мутанти. Вашият герой ще бъде оставен с хеликоптер в определена част на острова. С готови оръжия ще трябва да се придвижите напред и внимателно да се огледате. Веднага щом забележите врага, ще трябва да насочите оръжието си към врага и да откриете огън, за да убиете. Стреляйки точно по врага, вие ще го унищожите. За всяко убийство ще ви бъде даден определен брой точки.
