Смел самурай на име Киото живее в света на пикселите. Днес нашият герой трябва да пътува до отдалечени райони на страната си и да се бие с различни престъпници там. Вие в играта Pixel Samurai ще му помогнете в това. Самураите ви ще се виждат на екрана пред вас, който се намира в определена зона. Използвайки контролните клавиши, ще го накарате да тича напред. Погледнете екрана внимателно. По пътя на вашия герой ще се появят различни видове препятствия и дупки в земята. Когато вашият герой е на определено разстояние от тази опасна зона, ще трябва да го накарате да скочи. По този начин вашият герой ще лети във въздуха през тази опасност и ще може да продължи пътя си.