На Spider-Man понякога се случват необичайни неща и особено напоследък. Той може да заспи в дома си и да се събуди на съвсем различно място. Това е някаква магия или супер технология, трябва да разберете, преди да се влоши. В играта Marvel Ultimate Spider-man Mystery City вие и супер герой ще се озовете в мистериозен град, който го няма на картата. Най -вероятно той е в паралелна вселена. Спайдърмен иска да разбере как се транспортира в космоса и защо точно тук. За да се движите из града. Необходимо е да скочите и да кацнете точно върху сините плочки, в противен случай героят може да бъде ранен в Marvel Ultimate Spider-man Mystery City.