Вода или друга течност, следвайки законите на гравитацията, ще се излее, ако намери изход за себе си, дори и малка пукнатина. Във Water Flow 3D трябва да го оставите да тече свободно, за да напълните квадратните контейнери по-долу. Броят на контейнерите ще варира, но трябва да запомните, че в тях може да се излива само течност от съответния цвят. За да направите това, отворете клапите в правилния ред. Понякога ще трябва да се смесват течности, а стъклените прегради ще трябва да се чупят с тежки топки във Water Flow 3D. Има много нива и са разнообразни в поставянето на задачи.