Пътувайки през Галактиката, изследовател на име Том постоянно среща различни древни артефакти. За да може вашият герой да стигне до тях, той трябва да решава различни пъзели. Вие в играта Puzzle Galaxies ще му помогнете с това. Пред вас на екрана ще видите дизайн, който се състои от кубчета. Всеки от тях ще бъде разделен отвътре на равен брой квадратни зони. Във всяка зона ще видите топка с определен цвят. С помощта на контролните клавиши ще въртите кубчетата около оста им в пространството. Вашата задача е да настроите тези елементи така, че всички топки да са подредени в определена последователност. Веднага след като направите това, ще получите определен брой точки в играта Puzzle Galaxies и ще преминете към следващото ниво на играта.