Руните играят голяма роля в различни магически ритуали и церемонии, но не всеки може да разчете знаците и да ги овладее. В The Runic Conjecture вие и персонаж от каменен блок ще се преместите от едно място на друго, отваряйки порта. За да се отворят, трябва да активирате всички камъни с надписи и да ги комбинирате в едно. Намерете камък със светещи рунически символи и започнете с него. Трябва да намерите комбинация, която ще позволи на руните да се свържат със същите на други стели. Трябва да се образува верига, която ще отвори ключалката и ще я отвори в The Runic Conjecture.