В Матрицата бяха създадени няколко прототипа, като един от тях, номер 09435, се оказа най-успешният. Това е дигитално момче, което започна да се развива по удивителен начин бързо и скоро искаше да изследва външния свят. Той намери начин да напусне матрицата и тръгна към Prototype Guy. Създателите решиха да не се намесват в човека, молят ви да му помогнете да се адаптира, преодолявайки препятствията. Необходимо е да прескочите остри шипове и квадратни роботи. Между другото, роботите могат да бъдат унищожени, ако скочите директно върху тях. Ако препятствието не бъде преодоляно, героят ще започне отначало в Prototype Guy.
