Нинджата току-що се завърна от поход и реши да посети родния си манастир, където учи и любимия си учител, който му даде огромно количество знания и го научи как да контролира тялото и духа си. Той намерил монасите в униние и голямо разочарование. Предишния ден червеният самурай нападна манастира и открадна колекция от древни камъни с руни. Това са свещени камъни, които се съхраняват в манастира от векове. Нашият герой се закле да върне всичко откраднато и веднага тръгна на пътешествие. Помогнете на героя в Ninja Run да изпълни свещената си мисия. Нинджата ще тича, а вие ще му помагате да прескача препятствия и врагове навреме, събирайки камъни.
