Нинджите се появяват в средновековна Япония и са служили като шпиони, разузнавачи и диверсанти. Те носели тъмни дрехи, покривали лицата си и действали предимно през нощта, движейки се безшумно и изпълнявайки възложените задачи. Всички нинджи владеят изкуството на нинджуцу. По същество нинджите са вид воини, използвани в специални операции, като японските специални части. На героя на играта Ninja Speed Runner също е поверена тайна мисия, така че той се движи бързо. Шурикени летят към него, от които той трябва да избягва и вие ще му помогнете с това, принуждавайки героя да скочи или да се наведе в Ninja Speed Runner.
