Докато разследва друг случай, героят на играта Mystery Subway Escape 2, детектив Майкъл, намери таен вход към изоставени метростанции. Малко хора знаят за тях. Не говорим за технически тунели, а за станции, които някога са били действащи, но по една или друга причина са се оказали затворени и непотърсени. Там беше оставено оборудване, вещи и предмети, които не бяха изхвърлени, защото можеха още да са полезни. Именно там нашият герой ще търси доказателства, а след това и изход, тъй като вратата, през която е влязъл, е била заключена от някой в Mystery Subway Escape 2. Явно са го следили и са решили да се отърват от педантичния детектив.
