Героят на играта Counter-Strike: Reboot ще трябва да участва в дванадесет мисии с ваша помощ. Тъй като съдържанието се пази в строга тайна, целите ще бъдат разкрити, докато изпълнявате предишната мисия. Първият се нарича Alpha и вашата задача е да отблъснете атаката на терористи, които искат да превземат вашата база. В други мисии ще трябва да изпълнявате други задачи, като например: освобождаване на заложници, унищожаване на терористични бази, разчистване на мини и т.н. Всички мисии са ограничени във времето, трябва да решавате проблемите бързо и ефективно в Counter-Strike: Reboot.
