Клонирането се използва повече от веднъж или два пъти в света на игрите, като решение на проблемите с работата на проблемите. Quantum Split също ще използва този принцип. Пикселният герой от черния цвят попадна в лабиринта на платформата и за да се измъкне от него, той ще се нуждае от собствен клон. На началните нива той не е необходим, героят ще премине всички препятствия. Той знае как да скочи високо и да преодолее бариерите не е трудно. Опасни капани обаче ще се появят по -нататък, които могат да бъдат елиминирани чрез натискане на голям червен бутон. Това ще се нуждае от клонинг. Кликнете върху клавиша R и ще се появи бял клон. Той ще повтори предишните действия на прототипа си в квантово разделяне.