Между двата ордена нинджа избухна война. Вие в играта Ninja Versus Ninja ще участвате в тази конфронтация. В началото на играта ще трябва да изберете своя герой. Под него ще ви бъдат дадени оръжия и боеприпаси. След това вашият герой ще бъде в определена област. Вашият противник ще бъде в противоположния край на местоположението. По сигнал ще трябва да се движите в неговата посока. Щом се приближите, дуелът започва. Можете да удряте с меч или да използвате хвърлящи оръжия. Вашата задача е да убиете врага възможно най-бързо и да получите точки за него. Той също ще те атакува. Ще трябва да избегнете ударите му или да ги блокирате с меча си.