В повечето от съществуващите игри нинджата се появява пред нас като смел безкористен герой и боец. Смело се бие с тези, които са преминали на тъмната страна или с истински чудовища и чудовища, ловко кълца плодове и зеленчуци с остър меч и хвърля удачно стоманени звезди шурикен. В играта Run Ninja ще срещнете съвсем различен герой. Всъщност ще видите само гърба и искрящите му токчета. Нашият нинджа не иска да овладее бойното изкуство, той е извън неговите сили и той реши да избяга от манастира. Е, това е неговият избор и просто трябва да му помогнете да преодолее трудния път, осеян с препятствия в същите ями и капани с шипове в Run Ninja.