Обикновено светът на играта е лоялен към всеки, който иска да се научи да лети и се опитва да лети. Но във Flappy Annihilation 2 всичко ще бъде точно обратното. Изградили сте специален унищожител, който е проектиран да не пропуска нито едно летящо същество. Две мощни колони, едната отдолу и другата отгоре, когато докоснете екрана, се сближават и свързват с мощен звук. Всичко, което попадне между тях, се превръща в кървава кайма. Вашата задача е да рециклирате всички пилета, които са си представяли, че са летящи птици. Това ще бъде последният им полет. Ако пропуснете три пилета, играта ще приключи и точките ви в Flappy Annihilation 2 ще бъдат запомнени завинаги.