Най-често в игрите от жанра на летящите птици трябва да помогнете на една или друга птица да преодолее трудни дихателни пътища, летейки през тесни пролуки и се опитвайки да не удряте различни препятствия. В Flapi Smash ще правите всичко наобратно. Задачата е да не пропуснете цяло ято птици, които искат да пробият през вашия сайт. За да направите това, ще управлявате препятствията, като ги затваряте всеки път, когато птица се опита да се плъзне в отворен проход. Самите птици са виновни, обяснено им е, че не си струва да летят в тази посока, но по някаква причина те не го слушат и сега се обвиняват за Flapi Smash.