Смелият нинджа от Киото, по указание на главата на неговия орден, трябва да отиде в Тъмните земи и да намери там древни артефакти. Вие в играта Ninja vs Zombies ще се присъедините към него в това приключение. Вашият герой ще трябва да премине през много места и да преодолее различни опасности. Орди от зомбита бродят из местата, с които вашият герой ще трябва да се бие. Влизайки в битка с тях, героят ще използва различни оръжия. Унищожавайки живите мъртви, вие ще печелите точки, а също така можете да събирате трофеи, които ще паднат от тях. С точките, които получавате, можете да закупите различни оръжия и амуниции за вашия герой в магазина за игри.