В посока на малко селище, разположено в Япония, се движи отряд от разбойници. Те обаче убиват местните и ограбват селото. Смел воин нинджа се изправи, за да защити местните. Вие в играта Phase Ninja ще помогнете на героя да се бори срещу злодеите. Пред вас на екрана ще се вижда зоната, в която ще се намира вашият герой. Вражеска единица ще се движи в неговата посока. С помощта на различни оръжия за хвърляне и лък със стрели можете да унищожавате противници от разстояние. Когато врагът се приближи, изваждате меча си и влизате в близък бой. Удряйки с меч врага, вие ще го унищожите и ще получите точки за това. След смъртта на враговете ще можете да вземете трофеи, които ще паднат от тях.