Нинджата реши да протегне краката си и да тича из града, събирайки монети. В играта Ninja Runner ще срещнете герой и ще му помогнете да организира градски паркур. За героя няма непреодолими височини, можете да кликнете върху човека няколко пъти и той ще скочи до всеки връх: платформа, кула и друг връх. След като преминете през нивото, можете да преминете към друго, но внимавайте, на новите нива ще има допълнителни препятствия под формата на остри шипове, върху които не е нужно да скачате, за да не загубите сърцата на живота. Има все повече и повече остри препятствия, което означава, че ще трябва да сте много бързи и ловки, за да спасите нинджата от загуба на живот в Ninja Runner.