Смел воин нинджа влезе в древно подземие. Нашият герой ще трябва да го изследва и да събере всички златни магически монети. Вие в играта Ninja Auto Run ще му помогнете в това приключение. Пред вас на екрана ще видите една от стаите на подземието. Вашият герой ще тича по него с определена скорост. По пътя му ще се появят шипове, стърчащи от земята, препятствия с различна височина и други капани. Когато вашият герой се сблъска с тези опасности, ще трябва да го накарате да скочи. По този начин вашата нинджа ще прелети през всички тези опасности. По пътя помогнете на героя да събере златни монети, за които ще получите точки в играта Ninja Auto Run.