В Ben 10: Brains vs Bugs ще трябва да помогнете на забавно зелено извънземно да освободи отвлечените си приятели. Пред вас вашият герой ще се вижда на екрана, който ще се намира на определено място. С помощта на контролните клавиши ще ръководите действията му. Вашият герой ще трябва да върви по определен маршрут, преодолявайки различни капани и други опасности. По пътя той ще събира златни монети и други полезни предмети, които ще ви донесат точки в играта Ben 10: Brains vs Bugs и могат да дадат на героя различни видове бонуси. Освен това вашият герой ще трябва да се бори с буболечките, които ще се натъкнат по пътя му.