Във втората част на играта Ninja Hands 2 вие ще продължите да помагате на вашата нинджа война да се бие срещу различни противници, които искат да го убият. Вашият боец ще се вижда на екрана пред вас, който ще бъде на определено място. Врагът ще бъде на разстояние от него. В долния десен ъгъл ще има специален панел с икони. Щраквайки върху тях, можете да принудите героя да извърши определени действия. Ще трябва да атакувате опонента си и да използвате бойните си умения, за да унищожите врага. За това ще ви бъдат дадени точки в играта Ninja Hands 2.